对于类似从给定的文本中，查找其中最长的重复子字符串的问题，可以采用“后缀数组”来高效地完成此任务。后缀数组使用文本本身和n个附加指针（与文本数组相应的指针数组）来表示输入文本中的n个字符的每个子字符串。
首先,如果输入字符串存储在c[0..n-1]中，那么就可以使用类似于下面的代码比较每对子字符串：
maxlen = -1
for i = [0, n)
for j = (i, n)
if (thislen = comlen(&c[i], &c[j])) > maxlen
maxlen = thislen
maxi = i
maxj = j
当作为comlen函数参数的两个字符串长度相等时，该函数便返回这个长度值，从第一个字符开始：
int comlen(char *p, char* q)
i = 0
while *p && (*p++ = *q++)
i++
return i
由于该算法查看所有的字符串对，所以它的时间和n的平方成正比。下面便是使用“后缀数组”的解决办法。
如果程序至多可以处理MAXN个字符，这些字符被存储在数组c中：
#define MAXN 5000000
char c[MAXN], *a[MAXN];
在读取输入时，首先初始化a,这样，每个元素就都指向输入字符串中的相应字符：
while (ch = getchar()) != EOF
a[n] = &c[n];
c[n++] = ch;
c[n] = 0 //将数组c中的最后一个元素设为空字符，以终止所有字符串。
这样，元素a[0]指向整个字符串，下一个元素指向以第二个字符开始的数组的后缀，等等。如若输入字符串为"banana",该数组将表示这些后缀：
a[0]:banana
a[1]:anana
a[2]:nana
a[3]:ana
a[4]:na
a[5]:a
由于数组a中的指针分别指向字符串中的每个后缀，所以将数组a命名为"后缀数组"
第二，对后缀数组进行快速排序，以将后缀相近的（变位词）子串集中在一起
qsort(a, n, sizeof(char*), pstrcmp)后
a[0]:a
a[1]:ana
a[2]:anana
a[3]:banana
a[4]:na
a[5]:nana
第三，使用以下comlen函数对数组进行扫描比较邻接元素，以找出最长重复的字符串：
for i = [0, n)
if comlen(a[i], a[i+1]) > maxlen
maxlen = comlen(a[i], a[i+1])
maxi = i
printf("%.*s/n", maxlen, a[maxi])
由于少了内层循环，只是多了一次排序，因此该算法的运行时间为O(n logn).
完整代码如下：
1 #include <stdio.h>
2 #include <stdlib.h>
3 #include <string.h>
4
5 #define MAXCHAR 5000 //最长处理5000个字符
6
7 char c[MAXCHAR], *a[MAXCHAR];
8
9 int comlen( char *p, char *q )
10 {
11 int i = 0;
12 while( *p && (*p++ == *q++) )
13 ++i;
14 return i;
15 }
16
17 int pstrcmp( const void *p1, const void *p2 )
18 {
19 return strcmp( *(char* const *)p1, *(char* const*)p2 );
20 }
21
22 int main( )
23 {
24 char ch;
25 int n=0;
26 int i, temp;
27 int maxlen=0, maxi=0;
28 printf("Please input your string:\n");
29 while( (ch=getchar())!='\n' )
30 {
31 a[n]=&c[n];
32 c[n++]=ch;
33 }
34 c[n]='\0';
35 qsort( a, n, sizeof(char*), pstrcmp );
36 for(i=0; i<n-1; ++i )
37 {
38 temp=comlen( a[i], a[i+1] );
39 if( temp>maxlen )
40 {
41 maxlen=temp;
42 maxi=i;
43 }
44 }
45 printf("%.*s\n",maxlen, a[maxi]);
46 system("PAUSE");
47 return 0;
48 }