下载和使用NCBI的SRA数据


首先,对于加密的数据(dbGaP受限制数据)需要申请,申请后需要设置项目密码,下载数据,然后对下载后的数据进行dump,相当于解压缩,解压时
用到NCBI的sratools,对于拥有图形界面的系统来说,可以直接用sratoolkit。jar进行解密密码相关的设置,如果没有图形界面,则可使用2.3以前的旧版本,
利用configuration perl脚本进行设置,设置好以后解压,然后对序列数据进行align或者其他的工作,所以,还算比较繁琐的。

新下载的文件记得用configuration perl脚本检测external reference sequence文件,它会自动下载这些需要的文件。

posted on 2013-05-18 14:46 ewre 阅读(4912) 评论(0)  编辑 收藏 引用 所属分类: other


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